Wariacja kodująca ANGPTL4, LPL i SVEP1 oraz ryzyko choroby wieńcowej cd

W fazie odkrywania zdefiniowaliśmy sugestywne nowe powiązanie pomiędzy wariantem a ryzykiem choroby niedokrwiennej serca jako jedno z metaanalizą wartości P równą x 10-4 lub mniej. W przypadku wariantów z sugestywnym powiązaniem przeprowadziliśmy analizę asocjacyjną w badaniach replikacji, jak opisano w dodatkowym dodatku. Zdefiniowaliśmy znaczące nowatorskie asocjacje jako te, które były nominalnie istotne (P <0,05) w kohorcie replikacyjnej i które miały ogólną wartość P mniejszą niż 7,7 x 10-8 w kohortach odkrycia i replikacji łącznie (próg skorygowany Bonferroni, który dla 54 003 markerów z częstością mniejszych alleli> 0,01% badanych początkowo i 12 markerów testowanych w kohorcie replikacyjnej). Aby przetestować związek między wariantami a czynnikami ryzyka choroby niedokrwiennej serca, zbadaliśmy związek między wariantami o niskiej częstotliwości, które były znacząco związane z chorobą w łącznej analizie (tj. Odkrycie i replikacja) a poziomami lipidów w osoczu w 10 088 próbach z odkrycia. kohorta; w celu zminimalizowania jakiegokolwiek wpływu błędu stwierdzenia, ograniczyliśmy analizę do osób bez choroby wieńcowej, które miały dostępne pomiary lipidów. Zbadaliśmy również zależności pomiędzy istotnie związanymi wariantami niskiej częstotliwości i ciśnieniem krwi u 146.562 osób z badania Cohorts for Heart i Aging Research w konsorcjum Genomic Epidemiology Plus (CHARGE +). Tabele S4 i S5 w dodatkowym dodatku zawierają listę poszczególnych badań i liczby uczestników, którzy wzięli udział w analizach odpowiednio poziomu lipidów w osoczu i ciśnienia krwi. Na koniec, przebadaliśmy publicznie dostępne dane z tablicy exome, aby zbadać związek między istotnie związanymi odmianami o niskiej częstotliwości a cukrzycą typu 2 (dane z badania Genetycznej cukrzycy typu 2 przez sekwencjonowanie następnej generacji w próbkach wieloetnicznych [T2D-GENES]] Konsorcjum , Genetyka cukrzycy typu 2 [GoT2D] Konsorcjum i Konsorcjum Diabetes Genetics Replication and Meta-Analysis [DIAGRAM], dostępne w listopadzie 2015 r. Na stronie www.type2diabetesgenetics.org/). Dodatkowe szczegóły analizy asocjacji czynników ryzyka znajdują się w sekcji Metody w dodatkowym dodatku.
Na podstawie danych z sekwencjonowania wykorzystaliśmy regresję liniową, aby przetestować związek między allelami utraty funkcji ANGPTL4 i poziomami lipidów w osoczu u 8085 osób, dla których dostępne były pomiary lipidów, przy użyciu modeli opisanych w dodatkowym dodatku. Obliczyliśmy znaczenie związku pomiędzy allelami utraty funkcji ANGPTL4 a ryzykiem choroby wieńcowej przy użyciu 100 000 utrwalonych na podstawie badań permutacji fenotypów kontroli przypadku.
Wyniki
Warianty kodowania o niskiej częstotliwości związane z chorobą wieńcową
Tabela 1. Tabela 1. Warianty kodowania o niskiej częstotliwości uprzednio związane z chorobą wieńcową. Kohorcja odkryta obejmowała 120 575 osób (42 335 pacjentów i 78 246 kontroli) (tabela S1 w dodatkowym dodatku). W kohorcie wykrywania znaleźliśmy znaczące powiązania między wariantami kodowania o niskiej częstotliwości w genach LPA i PCSK9 a chorobą wieńcową (Tabela 1)
[przypisy: beczkopol, ria jamnica, tokovit e ]

Powiązane tematy z artykułem: beczkopol ria jamnica tokovit e