Wariacja kodująca ANGPTL4, LPL i SVEP1 oraz ryzyko choroby wieńcowej ad

Warianty modyfikujące białko (tj. Niesynonimowe, miejsce składania i nonsensowne podstawienia pojedynczych nukleotydów), które obserwowano co najmniej dwa razy spośród tych 12 000 osób, włączono do tablicy genotypowania (zwanej dalej tablicą egzomiczną). Ponadto, tablica exome zawiera wcześniej opisane warianty z badań asocjacji genomewidu, rzadką siatkę genomewidów wspólnych markerów, markerów, które mają charakter informacyjny w odniesieniu do przodków (np. African American, Native American i European), oraz pewne dodatkowe treści. Dodatkowe informacje na temat projektu macierzy exome można znaleźć na stronie http://genome.sph.umich.edu/wiki/Exome_Chip_Design. W tym badaniu skupiliśmy się na 220 231 odmianach autosomalnych, które były obecne w macierzy i oczekiwano, że będą zmieniać sekwencje białek (tj. Missense, nonsense, splice-site i frameshift) i używać ich do testowania wkładu niskiej częstotliwości kodowanie zmienności na ryzyko choroby wieńcowej. Metody
Projekt badania i uczestnicy
Przeprowadziliśmy badanie odkrywcze obejmujące 42,335 pacjentów z chorobą wieńcową i 68 2440 kontroli z 20 indywidualnych badań (zwanych dalej kohortą odwykową). W przypadku wariantów o sugestywnych skojarzeniach szukaliśmy replikacji naszych wyników w niezależnym badaniu 30 533 pacjentów i 42 530 kontroli zebranych z 8 indywidualnych badań (zwanych dalej kohortą replikacji). Nazwy poszczególnych badań i informacje na temat liczby uczestników i fenotypowych definicji pacjentów i kontroli w kohorcie wykrywania i kohorcie replikacji podano odpowiednio w tabelach S1 i S2 w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykuł na. 5755 uczestników badania Bangladeszu z ryzykiem ostrych stanów naczyniowych (BRAVE) i 22.072 uczestników z Pakistańskiego Studium Ryzyka Zawału Mięśniowego (PROMIS) miało pochodzenie południowoazjatyckie; wszyscy pozostali uczestnicy mieli europejskie pochodzenie.
Genotypowanie i kontrola jakości
Próbki genotypowano w tablicy Illumina HumanExome BeadChip w wersji 1.0 lub 1.1 lub w tablicy Illumina OmniExome (która zawiera znaczniki z HumanExome BeadChip) zgodnie z zalecanym przez producenta protokołem. Nasze metody genotypowania, jak również procedury kontroli jakości, które zostały użyte do usunięcia próbek i wariantów niskiej jakości, zostały opisane w Dodatku Uzupełniającym.
Kontynuacja sekwencjonowania ANGPTL4
Sekwencje eksonów ANGPTL4 uzyskano z sekwencji egzogennych7 6924 osób, które miały wczesny zawał mięśnia sercowego i 6834 osoby, które były wolne od choroby wieńcowej (szczegółowe informacje znajdują się w sekcji Metody w Dodatkowym dodatku). Nazwy poszczególnych badań i informacje na temat liczby uczestników i fenotypowych definicji pacjentów i kontroli dla sekwencjonowania ANGPTL4 podano w tabeli S3 w dodatkowym dodatku.
Analiza statystyczna
Spośród 220.231 wariantów na macierzy exome 54003 (obejmujących 13 715 genów) było obecnych w naszym badaniu z dostateczną częstotliwością (częstość mniejszych alleli> 0,01%), aby umożliwić indywidualne testowanie asocjacji, jak opisano w dodatkowym dodatku
[więcej w: przeglądarka nfz, pies z włosami zamiast sierści, terapeuta uzależnień warszawa ]

Powiązane tematy z artykułem: pies z włosami zamiast sierści przeglądarka nfz terapeuta uzależnień warszawa